生物顯微鏡與金相顯微鏡在多個方面存在顯著差異：

1. 照明系統：生物顯微鏡采用透射照明，通常用于觀察透明和半透明樣品，但不能用于觀察不透明物體。而金相顯微鏡主要采用落射照明方式（也叫同軸照明），光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面。一些金相顯微鏡也配備透射照明裝置，以便同時觀察透明樣本。

2. 放大倍數：生物顯微鏡的放大倍數通常可達2000倍左右，而金相顯微鏡的放大倍數相對較小，一般可達200倍左右。

3. 景深范圍：金相顯微鏡的景深范圍大，可達10mm，這有助于觀察三維圖像。生物顯微鏡的景深范圍則較小。

4. 工作距離：金相顯微鏡的工作距離較大，通常可達50mm甚至150mm，而生物顯微鏡檢測物體的工作距離范圍很少超過20mm。

5. 適用范圍：生物顯微鏡主要用于觀察生物切片或活體組織等，而金相顯微鏡主要用于觀察金屬或其它材料的金相組織。

總的來說，生物顯微鏡和金相顯微鏡在照明系統、放大倍數、景深范圍、工作距離和適用范圍等方面均存在不同，需根據具體需求進行選擇。