顯微鏡像的質量主要取決于像的反差和像的亮度，而一定要防止在顯微鏡像中把激發光和發射的熒光混在一起。

熒光顯微鏡檢術中，顯微鏡像的質量主要取決于像的反差和像的亮度，像反差是由樣品中特異染色的結構發射的熒光與本底上觀察到的光之比決定的，本底光包括透過阻擋激發光的D二濾波器的雜散激發光、組織成分的自生熒光和顯微鏡光學部分的光，熒光顯微鏡檢術國盡全力要的是一方面獲得更好的像反差，同時又維持像有足夠亮度，顯然，獲得更好的反差像的辦法可能導致熒光像的變暗，例如，由于使用又維持像有足夠 亮度，為了便于直觀觀察和顯微照相時用適當短的曝光時間，需要足夠亮的像，所以常要用寬波激發，于是僅產生特異FRP的熒光，而且還有其它組織成分的熒光，即構成非特異本底熒光，大多數應用中，一定要兼顧特異強度與非特異本底熒光在合理的低水平之間的要求。